ويتم تقديم الشكاوى من خلال مكتب خدمة المواطنين بمقرات الهيئة بالقاهرة، فى تقاطع شارعى النزهة وأسماء فهمى بمدينة نصر، بشكاوى مكتوبة أو بلاغات أو بالمكاتب الإقليمية التابعة لها بالمحافظات المختلفة.
وأيضا من خلال البريد العادى، يتم ارسال الشكاوى إلى هيئة الرقابة الإدارية بعنوانها فى تقاطع شارعى النزهة وأسماء فهمى بمدينة نصر بصندوق بريد رقم 111 هليوبوليس .
كما يتم إرسال الشكاوى من خلال البوابة الإلكترونية للهيئة، بالدخول على البوابة الإلكترونية لهيئة الرقابة الإدارية www.aca.gov.eg، ثم الدخول على قسم "الشكاوى" بالقائمة الرئيسية ثم اختيار "إرسال شكوى"، وملئ نموذج الشكوى والضغط على زر ادخال.
وأيضا يمكن تقديم الشكوى عن طريق الفاكس، بإرسال الشكاوى على الفاكس رقم 0020222915403 - تليفون الهيئة 0020222902728 - أو الرقم المختصر 16100 الخاص بالشكاوى .
ويعتبر حق الشكوى من الحقوق التى كفلها الدستور المصرى للمواطنين وتختص هيئة الرقابة الإدارية بتلقى وبحث الشكاوى التى يقدمها المواطنون، عن مخالفة القوانين أو الإهمال فى أداء واجبات الوظيفة ومقترحاتهم أو ما يلمسونه بقصد تحسين الخدمات وانتظام سير العمل وسرعة إنجازه .
وأنشئت هيئة الرقابة الادارية، بالمقر الرئيسى بمدينة نصر وبالمكاتب الإقليمية التابعة لها بمحافظات الجمهورية مكاتب لخدمة المواطنين، وتلقى شكاواهم خلال توقيتات العمل الرسمية، حيث يتم استقبال الشاكين وتلقى شكواهم وتصنيفها وإحالتها إلى الوحدات الرقابية المختلفة لفحصها فى سرية تامة، ويتم إحاطة الشاكى بنتيجة الفحص وتحديد مدى أحقيته فيما يطلبه .