أوصت لجنة الخطة والموازنة بمجلس النواب في تقريرها عن الحساب الختامى للهيئات الاقتصادية عن عام 2015/2016، بإحالة الخلاف بين وزارة المالية والهيئة العامة لمشروعات التعمير والتنمية الزراعية، حول حقيقة الأرقام الموجودة بالحساب الختامي للهيئة للنيابة الإدارية، وأشارت اللجنة عند فحصها مدي تعبير أرقام حساب ختامي موازنة الهيئة للواقع ظهر خلاف بين ممثلي وزارة المالية والهيئة حول حقيقة هذه الأرقام، حيث أفاد ممثلو الهيئة بأن الأرقام التي وردت في مجلدات وزارة المالية والتي أرسلت إلي مجلس النواب، لا تتفق مع الأرقام التي أرسلت من الهيئة لوزارة المالية، وهو الأمر الذي لم يوافق عليه ممثلي وزارة المالية الذين أكدوا صحة أرقام حساب ختامي موازنة الهيئة التي وردت بمجلدات الوزارة.
وكشف التقرير أن خسائر"عجز النشاط" للهيئة العام لمشروعات التعمير والتنمية الزراعية بلغ 296 مليون جنيه، بزيادة قدرها 362 مليون جنيه، بنسبة 779% عن الربط الأصلي البالغ نحو 7، 33 مليون جنيه.
وأشار التقرير أن نسبة الخسائر التي حققتها الهيئة تعادل 4، 2% من اجمالي خسائر العام التي حققتها الهيئات الاقتصادية البالغ عددها 18 هيئة
و بين التقرير أنه ترتب علي تحقيق الهيئة هذه الخسائر إن زادت الخسائر المرحلة للهيئة إلي 4702 مليون جنيه مشكلة بذلك نسبة 5% من إجمالي الخسائر المرحلة للهيئات الاقتصادية.
وأشار أيضا، التقرير إلي أن جملة أرصدة الحسابات المدينة المستحقة للهيئة لدي الغير بلغت في 30/6/2016 نحو 25 مليار و716 مليون جنيه وتشكل هذه الأرصدة نحو 11،6 % من جملة أرصدة الحسابات المدينة المستحقة للهيئات العامة الاقتصادية لدى الغير.
كما بلغت أرصدة الحسابات الدائنة المستحقة للغير طرف الهيئة نحو 27 مليارا و153 مليون جنيه، وتمثل هذه النسبة نحو 4،3 % من جملة أرصدة الحسابات الدائنة المستحقة للغير طرف الهيئات العامة الاقتصادية.