وشهدت المواد سالفة الذكر جدلاً، بين ممثلي المالية واللجنة، حيث أكدت المالية اعتراضها علي أن المادة (6) فيما يتعلق بعدم تقيد الجهاز بأحكام قوانين الاستيراد، فأنه يعود إلي وزارة التخطيط، كذلك كان لهم تحفظ علي المادة (7) الخاصة بالاعفاء من الضريبة الجمركية وغيرها من الضرائب لما يستوردة الجهاز.
في المقابل، أكد رئيس هيئة محطات الطاقة النووية المصرية أمجد الوكيل، أن مشروع القانون بجميع بنوده تم مناقشته داخل لجنة رفيعة المستوي بمشاركة كافة الجهات المعنية حيث حضر ممثلي وزارات الدفاع والداخلية والانتاج الحربي، والتخطيط والمالية، وغيرها من الجهات، وتم الموافقة علي جميع موادة دون أي تحفظات من الوزراء، وعرض علي مجلس الوزراء وبعد عودته من مجلس الدولة لم يعترض أحد أيضا، وبناء عليه تم إحالته إلي مجلس النواب.
وقال الوكيل، إن قرار الحكومة علي أعلي مستوي، ولا يمكن أن يكون قرار بهذا الحجم يتم العدول عنه بقرار من هم في درجة وظيفية أقل، ليس لديهم دراية بأهمية مشروع القانون أو أهميته، مضيفاً : لو أدير المشروع بهذا الشكل فنحذر من الأمر، فلا يمكن أن يُدار المشروع بهذه الطريقة، ماذا يعني موافقة المالية سابقاً ثم اعتراضها حالياً.
بدوره، قال النائب طلعت السويدى، رئيس اللجنة، إن مشروع المفاعلات النووية بالضبعة مشروع قومي وهناك اتفاق بين مصر وروسيا علي أن تعامل هذه المنطقة كمطقة حرة، ومعفاه من الضرائب، وهناك مشروع قانون "عايزينة يتنفس"، قائلاً : لقد عرض الأمر بمجلس الوزراء، ومن المفترض أن يكون قد استوفي جميع الأمور، وإلا فأنها ترمي الكرة في ملعبنا".
وفيما يتعلق بالمادة (18) من مشروع القانون، شدد النائب أشرف العربي، عضو اللجنة، علي أهميه عرض التعديلات المقترحة عليها علي لجنة الشئون الدستورية لاخذ الرأي في إمكانية عدم تطبيق أحكام أي قوانين أخرى بخلاف القانون المنشأ للجهاز عليه، وعلي الأخص قوانين إنشاء الجهاز المركزي للتنظيم والادارية وذلك لعدم الإطلاع عليها.
من جانبه أكد صلاح عيسى عضو اللجنة على ضرورة حضور وزير المالية خاصة ان مشروع القانون يؤسس لإنشاء أكبر مشروع قومي وهو إنشاء المفاعلات النووية السلمية بالضبعة أو بدء المشروع النووي وهو الأهم في تاريخ مصر ولابد أن يحضر كافة الوزراء المعنيين
وأكد أيضا عصام بركات وكيل اللجنة إن المشروع تتمناه مصر كلها ولا يمكن مناقشته بهذه الكيفية مع اعتراضات غريبة من وزارة المالية ولذا نتمسك بنص الحكومة وحضور الوزير.
وينشأ وفقا لمشروع القانونهيئة مستقلة تسمي "الجهاز التنفيذي للإشراف علي مشروعات إنشاء المحطات النوويه لتوليد الكهرباء"، تتمتع بالشخصية الإعتبارية وتتبع وزير الكهرباء والطاقة المتجددة مقرها القاهرة، ويجوز بقرار من مجلس إدارة الهيئة إنشاء فروع لها داخل الجمهورية أو خارجها.
ويختص الجهاز الذي يتولي دون غيره الاشراف علي مشروعات إنشاء المحطات النووية، في مقدمتها تخطيط ووضع برامج الإشراف علي التنفيذ، الإشراف علي المقاول أثناء تنفيذ الأعمال الُمتعاقد عليها وتقديم أي ملاحظات سلبية عن أدائه للجهة المالكة لتداركها، وإعداد تقرير دورى للعرض علي وزير الكهرباء بما تم إنجازه ومراحل تقدم العمل بالمشروعات، الإشراف علي أعمال التشغيل التجريبي للمشروعات وإثبات أيه ملاحظات تعوق عملية الاستلام، تهيئه المشروعات للتشغيل وتسليمها للمالك، والتواصل مع الجهات ذات الصلة بمشروعات المحططات النووية بما يساعد علي الالتزام بالجداول الزمنية لتنفيذ المشروعات وتطوير الأداء، القيام بأعمال الخبرة والأشراف علي تنفيذ المشروعات التي تدخل اختصاص الجهاز في الداخل أو الخارج، فيما يباشر الجهاز اختصاصاته داخل البلاد بالتعاون مع هيئي المحطات النووية لتوليد الكهرباء والرقابة النووية والإشعاعية وغيرها من الجهات المختصة.