بدأ الجدل بعد مطالبة الدكتور حسام عبد الغفار ممثل المجلس الأعلى للجامعات، بتعديل المادة المتعلقة بتشكيل مجلس أعلى للبحوث العلمية ليكون تابعا لرئيس الوزراء، وليس وزير الصحة، بما يمكنه من ضبط إيقاع البحوث العلمية بشكل مستقل، ويحقق الهدف من إنشائه ووضع أسس واستراتيجيات لضمان صحة البحث وسلامة المبحوثين.
وهو ما عقب عليه الدكتور أيمن أبو العلا، وكيل لجنة الصحة، بتأكيده أن المجلس الأعلى للبحوث فى ضوء مشروع القانون مستقلا، وليس معنى أن إنشاءه بقرار من وزير الصحة أنه ليس مستقلا.
وعاد حسام عبد الغفار، ليستكمل حديثه، مؤكدا أن من يملك قرار تشكيل أى كيان، يملك قرار حله، وبالتالى طالما تشكيل المجلس الأعلى للبحوث بقرار من الوزير المختص، فلا يمكن أن نقول إنه مستقل.
وتدخل الدكتور محمد العمارى، رئيس لجنة الصحة، بأن ما ذكره ممثل المجلس الأعلى للجامعات، وجهة نظره، وهو حق له.
