ويهـدف الجهاز - حسب القانون - إلى حماية وتنمية واسستغلال البحيرات وبواغيزها وسسياحاتها وشواطئها وحرمها ، وحمايـة وتنمية الثروة السمكية والأحياء المائية بقصد تنمية الاقتصاد القومي.
ومنح القانون الجهاز في سبيل تحقيق أهدافه القيام بما يراه لازما من أعمال وعلى الأخص ما يلي :
1- وضع السياسة العامة لحماية وتنمية البحيرات وبواغيزها وشواطئها وحرمها من التعدى والتلوث ، ووضعها موضع التنفيذ ، وتطويرها .
2 - استغلال إمكانيات البحيرات وبواغيزها وشواطئها وحرمها ومواردها وتنميتها وإجراء البحوث والدراسات اللازمة لذلك وله أن يستعين في ذلك بالجهات الأخرى المتخصصة سواء كانت وطنية أم أجنبية وإعداد المشروعات الاقتصادية والاجتماعية اللازمة لحماية وتنمية تلك البحيرات وشواطئها وحرمها في ضوء نتائج تلك البحوث والدراسات وتنفيذ هذه المشروعات أو إسناد تنفيذها للغير ومتابعتها.
3 – منح الموافقات على إقامة المشروعات ذات النفع العام التي تقوم بها جهات أخـرى فـى حدود اختصاصها إذا ترتسب عليها اقتطاع ع أجزاء من البحيرات وشواطئها وحرمها بعد أخذ موافقة جهاز شئون البيئة.
4 - العمل على حماية وتنمية الثروة السمكية ومصادرها ، والإشراف على تنفيذ قوانين الصيد والقرارات المنفذة لها.
5 - وضع الخطط المتعلقة بمشروعات الثروة السمكية والتصنيع السمكي ووضع التصميمات الخاصة بها ، وتنفيذ ما تطلبه المحافظات أو الجهات ذات الصلة من هذه المشروعات إما بالذات أو عن طريق جهات أخرى .
6- وضـع قواعـد وشروط وإجراءات منح التراخيص اللازمة وفقا لأحكام هذا القانون .
7- إقامة المشروعات التجريبية والنموذجية ، ووضع خطط وبرامج التدريب والإرشاد في مجال حماية وتنمية الثروة السمكية .
8 – إنشـاء شـركة مساهمة أو أكثر بمفرده أو بالاشتراك مع الغير بهدف العمل في مجال حماية وتنمية البحيرات والثروة السمكية واستغلالها بمـا لا يتعارض مع الصيد الحر.
9- تنظیم استغلال مناطق الصيد والمرابي والمزارع السمكية بالبحيرات ومناطق الاستزراع السمكي ، والعمل على صيانتها وتنميتها وتطهير فتحاتها ومنافذها ، وإزالة التعديات والمخالفات الواقعة عليها أو على شواطئها أو على الأراضي المحيطة بهـا ، والتأكد من الالتزام بالمعايير البيئية لنوعية مياه البحيرات ومناطق الاستزراع السمكي بالتنسيق مع وزارة البيئة على النحو الذي تحدده اللائحة التنفيذية .
10 - العمل على تطوير حرفة الع باستخدام الأساليب الحديثة ، ونشر الوعى والتدريب الفني بين الصيادين ، وإصدار القرارات اللازمة لمنع الحرف والأعمال الضارة بالثروة السمكية .
11- إعداد خرائط المخزونات السمكية بالتنسيق مع الجهات المعنية
12 - التعـاون مع الهيئات الدولية والإقليمية في كل ما يتعلق بحماية وتنسية البحيرات والثروة السمكية وفقا لما تقضى به اتفاقيات التعاون الفني والاقتصادي المبرمة في هذا الشأن ، ومتابعة تنفيذ هذه الاتفاقيات .
13 - اقتراح السياسة التسويقية والسعرية للأسماك المحلية والمستوردة بالتنسيق مع الوزارة المختصة بشئون التموين .
14 - تقديم الخبرة الفنية ، وإبداء المشورة في وضع التصميمات والرسومات وإجراء الدراسات الفنية ودراسات الجدوى الاقتصادية للمشروعات المتصلة بالثروة السمكية لمن يطلبها نظير مقابل خدمة يقرره مجلس إدارة الجهاز.
15 - إعداد خطة للطوارئ والتنسيق بين الجهات المعنية لإعداد برامج مواجهة الكوارث في البحيرات ولحماية الثروة السمكية
. 16 - وضع ضوابط إدارة واستغلال الأراضي المخصصة للجهاز .
17 - الإشراف على الجمعيات التعاونية للثروة المائية .
18- إدارة وتشغيل جميع موانئ الصيد وتطويرها وكذا المراسي ونقاط السروح والبواغيز ، وإبداء الرأي مسببا في إنشـاء موانئ صيد جديدة ويكون أخذ رأيه واجبا دون الإخلال بحكم المادتين (1 ، 2 ) من القانون رقم 1 لسنة 1996 في شأن المواني الجافة والتخصصية .
19- إبداء الرأي في مشروعات القوانين ذات الصلة
