تضمن قانون الجمارك الجديد حزمة من الضوابط بشأن إعادة حساب الضرائب والرسوم المستحقة وضوابط عمل الموظفين ممن لهم صفة الضبطية القضائية، وفيما يلى نستعرض هذه الآليات.
ووفقا للقانون فإنه مع عدم الإخلال بالقوانين المقررة لحماية حرمة المساكن ، لموظفى المصلحة ممن لهم صفة الضبطية القضائية وبموجب إذن كتابى من رئيس المصلحة أو من يفوضه الحق فى دخول مقار المذكورين فى المادة (8) من هذا القانون ، بغرض الاطلاع على الأوراق والسجلات والوثائق والمستندات المتعلقة بالعمليات الجمركية أو الدالة على مصدر البضائع ، وفحصها وإجراء التدقيق والمراجعة اللاحقة بعد الإفراج ، وضبطها فى حالة وجود مخالفة ، كما تجوز معاينة البضائع ذاتها فى حالة وجودها عند الاقتضاء وتحدد اللائحة التنفيذية لهذا القانون القواعد والإجراءات التى تنظم التدقيق والمراجعة اللاحقة ، والسجلات التى يتعين الالتزام بإمساكها يدويا أو إلكترونيا.
ومع عدم الإخلال بأحكام الباب التاسع من هذا القانون، يجوز إعادة حساب الضرائب والرسوم المستحقة إذا ثبت أن حسابها تم بناءً على غش أو تدليس وذلك وفقًا للأحكام العامة فى هذا الشأن.
وفى غير حالات التلبس بالجريمة، لا يجوز اتخاذ أى إجراء من إجراءات التحقيق فيما ينسب إلى موظفى المصلحة ممن لهم صفة الضبطية القضائية أثناء وبسبب تأدية عملهم إلا بناءً على طلب كتابى من الوزير أو من يفوضه.
للوزير وضع نظام أو أكثر لإثابة العاملين بالمصلحة فى ضوء معدلات أدائهم وحجم ومستوى إنجازهم فى العمل وذلك دون التقيد بأى نظام وبعد العرض على رئيس مجلس الوزراء، ويجوز بقرار من الوزير دعم صناديق الرعاية الاجتماعية والصحية الخاصة بموظفى المصلحة وأسرهم ومن أحيل أو يحال منهم إلى التقاعد بنسبة لا تجاوز (10%) من حصيلة الغرامات والتعويضات الواردة بالمادة (82) من هذا القانون.
وتنص المادة 8 على أن يلتزم المستوردون والمصدرون والمخلصون الجمركيون وشركات الملاحة والنقل ومكاتب وشركات الأشخاص الطبيعية والاعتبارية، وغيرهم ممن لهم صلة بالعمليات الجمركية بالاحتفاظ بالأوراق والسجلات والدفاتر والوثائق والمستندات المتعلقة بهذه العمليات لمدة خمس سنوات تبدأ من تاريخ الإفراج، وبالنسبة للسجلات من تاريخ التأشير عليها بانتهائها أو قفلها، وعلى كل حائز لبضائع أجنبية بقصد الاتجار الاحتفاظ بالمستند الدال على مصدرها.