أعفى قانون إنشاء هيئة تمويل العلوم والتكنولوجيا والابتكار، الهيئة من أداء الرسوم الجمركية والضرائب بما فيها الضريبية على القيمة المضافة وذلك على الأدوات والأجهزة والمواد المستوردة اللازمة للمشروعات البحثية، بشرط أن تقدم الهيئة إقرارًا يفيد بأن هذه السلع لازمة لتنفيذ مشروعاتها البحثية.
ويكون الإعفاء بالاتفاق بين الوزير المختص بالبحث العلمي ووزير المالية، على أن يبدى وزير المالية رأيه خلال ثلاثين يومًا من تاريخ إرسال الأوراق إليه، ويعتبر مضى هذه المدة دون رد منه في حكم الموافقة.
وتستحق الضرائب والرسوم على السلع المعفاة إذا تم التصرف فيها للغير خلال خمس سنوات من تاريخ الإعفاء.
وتكون للهيئة موازنة مستقلة، يتم إعدادها وفقًا لقواعد إعداد موازنات الهيئات العامة الخدمية، وتبدأ السنة المالية لها مع بداية السنة المالية للدولة وتنتهي بانتهائها. ويكون للهيئة حساب خاص يفتح بالبنك المركزي المصري ضمن حساب الخزانة الموحد تودع فيه مواردها، وتتولى الهيئة الصرف منه على أنشطتها المختلفة المحددة بهذا القانون ولائحته التنفيذية.
ويرحل الفائض من إدارة مواردها الذاتية من سنة مالية إلى أخرى، ويجوز بقرار من رئيس مجلس الوزراء بناء على عرض الوزير المختص بالبحث العلمي وبعد موافقة مجلس إدارة الهيئة ووزير المالية أن يئول جزء من هذا الفائض إلى الخزانة العامة للدولة.
ووفقا للقانون، تنشأ هيئة عامة تسمى "هيئة تمويل العلوم والتكنولوجيا والابتكار"، تكون لها الشخصية الاعتبارية، وتتبع الوزير المختص بالبحث العلمي، ويكون مقرها الرئيس محافظة القاهرة، ويجوز لها إنشاء فروع أخرى داخل جمهورية مصر العربية بقرار من مجلس إدارتها، تهدف الهيئة إلى دعم البحث العلمي والتكنولوجيا والابتكار وتمويله وتحفيزه، والربط بين البحث العلمي وتنمية المجتمع، وذلك من خلال الأولويات التي تحددها الدولة للبحث العلمي.
