منح قانون إعادة تنظيم هيئة الأوقاف المصرية، مجلس إدارة الهيئة عددا من الصلاحيات والاختصاصات، بداية من اعتباره السلطة العليا المهيمنة على شئونها، وله أن يتخذ ما يراه لازمًا من قرارات لمبـاشرة اختصــاص الهيئــة لتحقيق الغـــرض الذي قـــامت من أجـــله، وله علي الأخص ما يأتي:
( أ) رسم السياسة العامة لإدارة واستثمار أموال الأوقاف لتحقيق أقصي عائد ممكن علي الأسس الاقتصادية السليمة .
(ب) وضع النظم الكفيلة بتنمية إيرادات الأوقاف، وتحصيلها بصفة منتظمة، وصيانتها المستمرة، ومتابعة تنفيذ ذلك بما يكفل المحافظة عليها.
(جـ) وضع الهيكل التنظيمي والإداري للهيئة.
(د) إصدار اللوائح والقرارات الداخلية في المسائل المـالية والإدارية والفنية التي تسير عليها الهيئة وغيرها من اللوائح المتعلقة بنشاطها، واعتمادها من الجهات المختصة دون التقيد بالقواعد الحكومية.
(هـ) الموافقة على مشروع الموازنة السنوية والحساب الختامي.
(و) النظر في التقارير الدورية التي تقدم عن سير العمل بالهيئة ومركزها المـالي، واتخاذ ما يراه في شأنها.
(ز) الموافقة على منح التوكيلات المنصوص عليها في البند (رابعًا) من المـادة (٤) من هذا القانون.
(ح) التقدم باقتراحات نزع الملكية للمنفعة العامة لإقامة منشآت للهيئة، وذلك وفقًا لأحكام القانون رقم ١٠ لسنة ١٩٩٠ بشأن نزع ملكية العقارات للمنفعة العامة.
(ط) عقد القروض وقبول الهبات والوصايا والتبرعات، وصرفها في الأوجه المخصصة لها.
(ي) النظر في كل ما يري وزير الأوقاف أو رئيس المجلس عرضه من المسائل التي تتعلق بنشاط الهيئة.
(ك) تعيين العاملين بالهيئة وفق الضوابط القانونية المقررة.
