ذكر قانون الاستثمار أن رئيس مجلس إدارة المنطقة الاستثمارية هو المسئول عن الترخيص للمشروعات داخل حدود المنطقة الاستثمارية بمزاولة نشاطها.
وفقا للقانون يجب أن يتضمن الترخيص بيانا بالأغراض التى منح من أجلها ومدة سريانه ولا يجوز النزول عن الترخيص كليًا أو جزئيًا إلا بموافقة مجلس إدارة المنطقة الاستثمارية، ويكون رفض منح الترخيص أو عدم الموافقة على النزول عنه بقرار مسبب، ولصاحب الشأن أن يتظلم منه إلى اللجنة المنصوص عليها بالمادة 83 من القانون.
ويكتفي بهذا الترخيص عند التعامل مع أجهزة الدولة المختلفة للحصول على الخدمات والتيسيرات والمزايا والإعفاءات للمشروع دون حاجة للقيد بالسجل الصناعى، ما لم يطلب المستثمر غير ذلك، مع إخطار الجهة المختصة بصورة من الترخيص لأغراض الحصر، ولا يجوز لأى جهة إدارية أخرى اتخاذ أى إجراءات داخل المناطق الاستثمارية أو المشروعات العاملة داخلها إلا بعد موافقة الهيئة.
ولا يتمتع المرخص له بالضمانات والحوافز والمزايا المنصوص عليها في هذا القانون إلا في حدود الأغراض المبينة في الترخيص.