حددت المادة (2) من مشروع قانون الجمارك اختصاصات مصلحة الجمارك المصرية، والتى نُلخصها فى الـ10 نقاط التالية:
1- تتولى المصلحة أعمال الرقابة الجمركية.
2- إتمام الإجراءات الجمركية اللازمة للتخليص والإفراج عن البضائع الواردة والصادرة والعابرة.
3- تحصيل الضريبة الجمركية وكافة الضرائب والرسوم الأخرى المستحقة عليها.
4- إدارة نظامى السماح المؤقت ورد الضريبة.
5- تطبيق القوانين واللوائح والقرارات المتعلقة بعمليات دخول وخروج وعبور البضائع.
6- أعمال الرقابة الجمركية فيما يتصل بحماية حقوق الملكية الفكرية الخاصة بالبضائع على امتداد الإقليم والخط الجمركيين بالتنسيق مع وزارة التجارة والصناعة.
7- اتخاذ كافة الإجراءات التى تراها كفيلة التأمين وتيسير حركة التجارة الدولية بالتنسيق والتعاون مع غيرها من الجهات المختصة.
8- للمصلحة أن تتخذ أو تطلب من الجهات المختصة اتخاذ كافة التدابير التى تراها كفيلة بمنع التهريب داخل الدائرة الجمركية.
9- للمصلحة أن تتبع البضائع المستوردة التى يجرى عرضها للبيع عن طريق المواقع الإلكترونية.
10- يجوز بقرار من الوزير أو من يفوضه اتخاذ تدابير خاصة داخل نطاق الرقابة الجمركية لمراقبة بعض البضائع.