تضمن قانون صندوق الوقف الخيرى عددا من الأهداف أبرزها المساهمة فى نشر الدعوة الإسلامية بالداخل والخارج، أبرزها معاونة أجهزة الدولة فى إقامة مشروعات خدمية وتنموية خاصةً التعليمية، والمساهمة فى تطوير مشروعات البنية التحتية وكافة المشروعات التى تسهم فى دعم الموقف الاجتماعى والاقتصادى للدولة .
ووفقا للقانون، من أهم الأهداف أيضا المساهمة فى تطوير العشوائيات، المساهمة فى الحد من ظاهرة أطفال بلا مأوى والمشردين، المساهمة فى الحالات الأولى بالرعاية ويصدر بتحديدها قرار من مجلس إدارة الصندوق بناءً على عرض وزير الأوقاف، وذلك كله فى حدود شروط الواقفين .
الجدير بالذكر أن القانون نص على "ينشأ صندوق يسمى «صندوق الوقف الخيري» تكون له الشخصية الاعتبارية ويتبع رئيس مجلس الوزراء ويكون مقره مدينة القاهرة وله أن ينشئ فروعًا أخرى فى جميع أنحاء الجمهورية، ويشار إليه فى هذا القانون بالصندوق".