كانت نيابة أمن الدولة العليا، قد أسندت إلى محمد على بشر وباقى المتهمين عدة تهم منها ارتكاب جرائم التخابر مع دول أجنبية، بقصد الإضرار بمركز مصر السياسي والاجتماعي والاقتصادى، والاشتراك فى اتفاق جنائى بغرض قلب نظام الحكم، والانضمام إلى جماعة إرهابية مؤسسة على خلاف أحكام الدستور والقانون، الغرض منها الدعوة إلى تعطيل القوانين ومنع مؤسسات الدولة من ممارسة أعمالها والاعتداء على الحرية الشخصية للمواطنين والإضرار بالوحدة الوطنية والسلام الاجتماعى وتتخذ من الإرهاب وسيلة لتنفيذ أغراضها.