ويهدف المجلس الأعلى لمواجهة الإرهاب والتطرف إلى حشد الطاقات المؤسسية والمجتمعية للحد من مسببات الإرهاب، ومعالجة آثاره، بما يعزز قدرة الدولة على مواجهة الإرهاب، وتعقب مصادر تمويله، باعتباره تهديداً للوطن والمواطنين مع حماية الحقوق والحريات.
وافق مجلس الوزراء على مشروع قانون بإنشاء المجلس الأعلى لمواجهة الإرهاب والتطرف، يحل محل المجلس المنشأ بقرار رئيس الجمهورية رقم 355 لسنة 2017.