بلغت موازنة مركز بحوث الصحراء للعام المالى 2017 /2018 نحو 186 مليونا و922 ألف جنيه، موزعة على أجور وتعويضات العاملين بقيمة 142 مليون جنيه، وشراء سلع بـ11 مليون جنيه، وفوائد بـ65 ألف جنيه، ودعم ومنح بمليون جنيه، واستثمارات أخرى بـ28مليونا و519 ألف جنيه، فيما بلغت الإيرادات نحو20 مليونا و935 الف جنيه وبلغ العجز الذى تموله الخزانة العامة لمواجهة المصروفات نحو 20مليون و935 الف جنيه.
يذكر ان لجنة الخطة بمجلس النواب ستقدم تقريرها بشان الموازنة للامانة العامة 10 يونيو تمهيدا لمناقشتها بالجلسة العامة.