وكانت اللجنة قد فتحت خلال دور الانعقاد الثانى ملف المساجد الاثرية وقامت بزيارة عدد منها واعدت تقارير حولها مثل تقريرها بشان مسجد السيدة زينب، حيث أوصت اللجنة بضرورة الاهتمام بواجهة المسجد، وتغيير الأرصفة المحيطة به، بمعرفة مهندسين معماريين، حتى تتناسب مع قيمة المسجد ومكانة آل بيت رسول الله صلى الله عليه وسلم، وتخصيص أموال صندوق التبرعات لصيانة وإعمار المسجد، وضرورة تغيير سجاد المسجد، واستكمال فرش المسجد بالسجاد من الناحية الخلفية وتغييره كل عام لكثرة الاستهلاك، واستكمال وتركيب أجهزة التهوية بالجزء الخاص بتوسعة المسجد، والاهتمام بصيانة أجهزة التكييف الموجودة فى المسجد بصفة منتظمة، وسرعة استكمال أعمال نقل السور الخارجى للمسجد ودار المناسبات، والاهتمام بنظافة ساحات المسجد، وإبعاد المتسولين والباعة الجائلين عن المسجد تمام.
وأوصت اللجنة بسرعة نقل المخطوطات إلى حجرة أخرى بسبب مرور أنابيب (مواسير) التكييف بالحجرة، وأهمية استكمال مشروع تجميع المخطوطات الإسلامية من مكتبات المساجد الأخرى، بمختلف محافظات الجمهورية، وضمها للمكتبة المركزية الموجودة بالمسجد، عقب إجراء الترميم اللازم لها، وضرورة تركيب نظام تكييف مركزى حفاظا على سلامة المخطوطات من الإصابة بالفطريات، التى تعرضها للتلف، وسرعة تركيب نظام إطفاء ذاتى حديث يتناسب مع طبيعة المخطوطات المحفوظة بمخزن مكتبة المخطوطات، وتوفير الإضاءة لقاعات الإطلاع والبحث بالمكتبة، والتأكيد على توفير المواد الكيمائية، بكميات كافية لترميم وتعقيم وحفظ المخطوطات من التلف، والعمل على توفير أكثر من جهاز للترميم الآلى للمخطوطات، وضرورة سد العجز فى القوى البشرية العاملة بالمكتبة، من خلال تعيين مجموعة من أمناء المكتبات بالإضافة إلى المتخصصين فى (الفهرسة، الترميم، الحاسب الآلى، التصوير) والخدمات المعاونة، وضرورة إعادة تشغيل الموقع الالكترونى للمكتبة على الانترنت المتوقف منذ عام 2011، ومد المكتبة بأجهزة الحاسب الآلى الحديثة، حيث أن الأجهزة الموجودة بالمكتبة فى الوقت الراهن معطلة وغير صالحة للاستخدام.
وطالبت اللجنة بأهمية ضم المسجد إلى هيئة الآثار للمحافظة عليه كأثر دينى وتاريخى له مكانة كبيرة فى فى نفوس المصريين.