وقال النائب اللواء كمال عامر، إنه في حالة غياب رئيس الجمهورية غيابا مؤقتا يحل محله رئيس الوزراء، وفي حالة وجود مانع دائم يمنعه من مباشرة مهامه يحل محله رئيس مجلس النواب، لافتا إلي أن البرتوكول أمر آخر يجعل رئيس البرلمان قبل رئيس الوزراء، وقال المستشار محمد محجوب مساعد وزير العدل إن الترتيب ليس بروتوكوليا، لافتا إلي أن رئيس الجمهورية يترأس المجلس بصفته رئيس السلطة التنفيذية الذي يصدر التكليفات للوزارات المختلفة وبالتالي يحل محله رئيس الوزراء ليتابع التكليفات للوزراء.
فيما أكدت النائبة هالة أبو على، أن وجود رئيس مجلس النواب، فى تشكيل هذا المجلس بدون أى مبرر أو داعى، خاصة أن أعماله تنفيذية، مشيرة إلى أنه من الطبيعى أن يرأس مجلس تنفيذي مسؤل تنفيذى وليس رئيس مجلس النواب، مشيرة إلى أن مبدأ الفصل بين السلطات يحتم ذلك.
واختلف النائب إيهاب الخولى مع النائبة، مؤكدا أن الدستور وقانون مجلس النواب، يؤكد أن رئيس مجلس النواب الرجل الثانى فى الدولة وبالتالى ترتيبه لابد أن يسبق رئيس الوزراء فى تشكيل المجلس، وأيضا يحل محل رئيس الجمهورية فى رئاسته إبان غيابه، مطالبا بضرورة إَضافة رئيس لجنة الدفاع والأمن القومى لتشكيل المجلس.
واتفق معه المتحدث باسم ائتلاف دعم مصر، صلاح حسب الله، عضو مجلس النواب، مؤكدا أن ترتيب رئيس مجلس النواب لابد أن يسبق رئيس الوزراء فى تشكيل المجلس الأعلى، وفق الدستور واللائحة لمجلس النواب، مشيرا إلى أن أى مخالفة لذلك هى تناقض تشريعى، فيما قال النائب مصطفى بكرى، عضو مجلس النواب، إن قانون المجلس الأعلى للإرهاب يتبنى رؤية الإستراتيجية الشاملة، لمواجهة الإرهاب على كافة المستويات وليست الأمنية فقط، لأن الأخيرة لم تؤت بالثمار والنتائج المرجوة على مدار السنوات الماضية.
وأكد أن مصر فى حاجة إلى مواجهة شاملة على كافة الأصعدة والمستويات، مشيرا إلى أن الشعب المصرى يدرك التحديات والدليل الحشود التى خرجت فى العملية الانتخابىة لرئاسة الجمهورية، وخاصة فى مناطق التى انتشرت فيها الجماعات المتطرفة مثل سيناء والفيوم وكرداسة، فيما اتفق معه النائب جمال الشريف مؤكدا على أن المواجهة الشاملة تحتم الموافقة على هذا القانون.
وانتهت اللجنة إلى الأخذ برأى النواب مع استمرار تحفظ الحكومة، حيث جاء نص المادة بعد التعديل، يشكل المجلس الأعلى لمواجهة الارهاب والتطرف برئاسة رئيس الجمهورية وعضوية كل من: ـ رئيس مجلس النواب ـ رئيس مجلس الوزراءـ فضيلة الامام الاكبر شيخ الأزهر الشريف ـ بابا الاسكندرية بطريرك الكرازة المرقسية ـ القائد العام للقوات المسلحة وزير الدفاع والانتاج الحربي ـ وزير الاوقاف ـ الوزير المعنى بشئون الشباب والرياضةـ الوزير المعنى بشئون التضامن الاجتماعيى - وزير الخارجية ـ وزير الداخلية ـ الوزير المعنى بشئون الاتصالات وتكنولوجيا المعلومات ـ وزير العدل ـ الوزير المعنى بشئون الثقافة. ـ الوزير المعنى بشئون التربية والتعليم والتعليم الفني ـ الوزير المعنى بشئون التعليم العالى والبحث العلمي. ـ رئيس جهاز المخابرات العامة ـ رئيس هيئة الرقابة الادارية، ثلاثة من الشخصيات العامة.
وللمجلس أن يدعو إلى حضور اجتماعاته من يرى دعوته من السادة الوزراء والمحافظين ورؤساء الهيئات العامة والأجهزة الحكومية المختصة والشخصيات العامة وفقا للاعتبارات التى يقدرها رئيس الجمهورية، وكذلك من يرى الاستعانة بخبراته فى المسائل المعروضة ولا يكون لأى منهم حق التصويت، ويجوز أن تقتصر الدعوة فى بعض الموضوعات على من يرى رئيس الجمهورية دعوته وفى حال غياب رئيس المجلس يحل محله رئيس مجلس النواب.