وتنص المادة (9)، على أن تشكل لجنة أمناء الفتوى بقرار من فضيلة المفتى وتتكون من عدد كاف من أمناء الفتوى، ويحدد القرار من يتولى رئاستها، وتعتبر هى الجهة العلمية العليا فى دار الإفتاء التى تلى فضيلة المفتى، بهدف إقرار النظام المجمعى فى العمل الإفتائى، وتحسين جودة الفتاوى من جهة المحتوى والصياغة، والرأى الذى تختاره اللجنة ويتم اعتماده من فضيلة المفتى هو الرأى المعبر عن رأى دار الإفتاء الذى يلتزم به فى الإفتاء كل أمناء الفتوى فيها ولا يجوز لهم مخالفته، وتحدد اللائحة التى يصدرها فضيلة المفتى الشروط الواجب توافرها فى أعضاء اللجنة وعددهم، والقواعد والإجراءات اللازمة لعملها.
ورأى بعض المشاركين فى الاجتماع أن المادة تحتاج لإعادة صياغتها على نحو لا يراه البعض أن لجنة أمناء الفتوى موازية لفضيلة المفتى، بينما رأى الدكتور أسامة العبد رئيس لجنة الشئون الدينية والأوقاف ومقدم مشروع القانون، أن ينص فى المادة على أنها لجنة علمية، مؤكدا أنها ليست موازية للمفتى، وفى النهاية تم تأجيل المادة لاجتماع آخر لإعادة صياغتها.
وينص مشروع القانون على أن دار الإفتاء المصرية هيئة ذات طابع دينى، تتمتع بالشخصية الاعتبارية، وتتبع وزارة العدل، ويمثلها فضيلة مفتى الديار المصرية، وتتمتع بالاستقلال المالى والإدارى والفنى، ولها ميزانية مستقلة وموازنة تخطيطية مستقلة، ولها أن تنشئ فروعا بالمحافظات، وتقوم دار الإفتاء على شئون الإفتاء وفقا لأحكام الشريعة الإسلامية، وتعمل على تأسيس الفتوى الشرعية تأسيسا علميا سليما يتفق مع صحيح الدين، ويعمل على تحقيق المقاصد الشرعية العليا.
وكانت لجنة الشئون الدينية والأوقاف بمجلس النواب، وافقت على المادة 2 من مشروع قانون دار الافتاء المصرية التى تنص على أن يعين فضيلة المفتى بقرار من رئيس الجمهورية بناء على ترشيح هيئة كبار العلماء من بين أعضائها أو من غيرهم ممن تراه الهيئة، ويبقى المفتى فى منصبه حتي بلوغه السن القانونية المقررة للتقاعد، ويجوز التجديد له بعد بلوغ هذا السن بقرار يصدر من رئيس الجمهورية بعد موافقة هيئة كبار العلماء، ويعامل فضيلة المفتى ذات المعاملة التى يعامل بها الوزراء، من الناحية المالية، ومن ناحية المراسم والمخصصات.