وحدد المشروع 6 اختصاصات للأمانة الفنية للمجلس وهى:
1- تطوير منهجية إعداد الوثائق التخطيطية على المستويين المركزى والمحلى، واقتراح الإجراءات التنفيذية اللازمة لتحسين كفاءة عملية التخطيط.
2- مراجعة الخطط التنموية الاستراتيجية على مستوى الأقاليم والمحافظات قبل عرضها على المجلس الأعلى للتخطيط والتنمية المستدامة، لضمان اتساقها مع الوثائق التخطيطية القومية.
3- التنسيق بين الوزارات والجهات المعنية بالتخطيط والتنمية المستدامة على المستويين المركزى والمحلى.
4- تفعيل دور شركاء التنمية فى عملية إعداد الخطط القومية والإقليمية والمحلية والمشاركة فى تنفيذها.
5- إعداد تقارير دورية للمجلس عن تنفيذ الخطط على المستويين المركزى والمحلى.
6- إعداد مسودات جداول العمل الخاصة باجتماعات المجلس.