وأوضحت اللجنة فى خطة العمل بشأن مؤسسة الأزهر الشريف أنها تشمل مناقشة ومتابعة دور الأزهر الشريف تجاه قضية تجديد الخطاب الدينى والأفكار المتطرفة التى تشكل الأساس الفكرى للجماعات الإرهابية والتنسيق مع الدول الإسلامية والمؤسسات المعنية لمواجهة هذه الجماعات، ودراسة أسباب عدم إطلاق قناة الأزهر الجديدة والتى تقدم كل أنواع البرامج بمصداقية الأزهر ورسالته التى يتبناها على أن يتم إطلاقها بصورة عاجلة.
كما شملت الخطة دراسة آليات تفعيل دور مجمع البحوث الإسلامية وهيئة كبار العلماء ومرصد الأزهر وبيت الزكاة، وبيان وسائل رفع كفاءة الطلاب الأزهريين لتحصينهم من الفكر المتطرف ولتدريبهم على مواجهته وتفكيكه حتى يتمكنوا من تقديم رسالة الأزهر فى أكمل صورها، بالإضافة إلى متابعة دور الأزهر فى التعاون مع المؤسسات الأخرى لتقديم خدمات علمية ومجتمعيةودعوية فى الداخل والخارج.