حدد القانون رقم ١٢ لسنة ٢٠٢٢ بإصدار قانون إنشاء وتنظيم المجلس الصحي المصري، موارد المجلس ، حيث نصت المادة 13 على أن تتكون موارد المجلس مما يأتي :
١- ما تخصصه الدولة من الموازنة العامة .
٢- عائد استثمار أموال المجلس .
٣- التبرعات ، والهبات ، والمنح ، والإعانات في الأغراض التي تدخل في اختصاص المجلس والتي يقبلها مجلس الإدارة ، بعد موافقة الجهات المختصة .
٤- القروض التي تعقد لصالح المجلس ، بما لا يتعارض مع أغراضه ، وفقًا للقواعد والإجراءات المنظمة لذلك .
٥- حصيلة الرسم المقرر في المـادة (١٢) من هذا القانون .
ويكون للمجلس موازنة خـاصة تعد علي نمـط موازنات الهيئات العـامة الخـدمية ، وتبدأ السنة المـالية له مع بداية السنة المـالية للدولة ، وتنتهي بانتهائها ، وتودع أموال المجلس في حساب خاص بالبنك المركزي ضمن حساب الخزانة الموحد ، ويرحل الفائض من الموارد الذاتية من سنة مالية إلي أخري .
وأموال المجلس أموال عامة ، تخضع لرقابة الجهاز المركزي للمحاسبات ووزارة المـالية وجميع الجهات الرقابية الأخري في الدولة .
ويكون للمجلس في سبيل اقتضاء حقوقه اتخاذ إجراءات الحجز الإداري طبقًا لأحكام القانون رقم ٣٠٨ لسنة ١٩٥٥ في شأن الحجز الإداري