تتكون موارد صندوق مواجهة الطوارئ الطبية ، وفقا لما نص عليه القانون قانون رقم ١٣٩ لسنة ٢٠٢١ على :
١ - المساهمات المالية للعلاج على نفقة الدولة فى التدخلات الطبية التى يغطيها الصندوق .
٢ - ٢% (اثنان بالمائة) من سعر بيع مستحضرات التجميل المستوردة .
٣ - ٣% (ثلاثة بالمائة) من سعر بيع المبيدات الحشرية المعدة للاستخدام فى غير الأغراض الزراعية .
٤ - ١% (واحد بالمائة) من حصيلة الحسابات الخاصة بالقطاعات المختلفة بديوان عام وزارة الصحة والسكان ، ويستثنى من ذلك صندوق تحسين الخدمة ودعم البحوث المشتركة بوزارة الصحة والسكان .
٥ - المبالغ المالية التى يقدمها البنك المركزى المصرى والبنوك واتحاد البنوك المصرية للصندوق.
٦ - الهبات والتبرعات والمنح التى تقدم للصندوق من الأفراد أو الهيئات ، ويقبلها مجلس الإدارة.
٧ - عوائد استثمار أموال الصندوق .
٨ - المبالغ المالية المخصصة لصالح صندوق تحسين أداء العمل فى الإدارات المشرفة على تنفيذ القانون بوزارة الصحة وإدارات العلاج الحر بالمحافظات ، وفقًا لأحكام القانون رقم ٥١ لسنة ١٩٨١ بتنظيم المنشآت الطبية .
٩ - الموارد الأخرى التى يقررها مجلس إدارة الصندوق فى نطاق أغراض الصندوق، ويصدر بها قرار من رئيس مجلس الأمناء .
ويجوز بقرار من مجلس إدارة الصندوق استثمار حصيلة أمواله بعد موافقة مجلس الأمناء .
كما يتم يتم الصرف من حصيلة موارد الصندوق بقرار من رئيس مجلس الأمناء فى الأغراض الآتية :
١ - تغطية تكاليف حالات الكوارث والطوارئ الطبية والأزمات والأوبئة .
٢ - تغطية الحالات التى تستلزم التدخلات الطبية الحرجة والدقيقة لمنع تراكم العمليات الجراحية الكبرى التى يعتمدها مجلس الأمناء .
٣ - المساهمة فى نفقات علاج المرضى الخاضعين لنظام العلاج على نفقة الدولة بما يتفق وأغراض الصندوق .