منح قانون تنظيم العمل في المستشفيات الجامعية، مجلس إدارة المستشفيات الجامعية السلطة المهيمنة على شئونها، وتصريف أمورها ووضع خطط العمل التي تحقق أغراضها في نطاق السياسات العامة التي أقرها المجلس الأعلى للمستشفيات الجامعية، وله على الأخص ما يأتي:
- اقتراح اللوائح المتعلقة بالشئون الفنية والإدارية والمالية وغيرها، وتصدر تلك اللوائح بقرار من الوزير المختص بالتعليم العالي بعد موافقة المجلس الأعلى للمستشفيات الجامعية ووزارة المالية بناءً على عرض رئيس الجامعة.
- وضع النظام الداخلي للعمل في المستشفيات ووحداتها العلاجية، وتحديد اختصاصاتها، والوصف العام لواجبات العاملين فيها.
- الموافقة على مشروع الموازنة السنوية للمستشفيات الجامعية وحسابها الختامي قبل عرضه على الجهات المختصة.
- النظر في التقارير الدورية التي يقدمها المدير التنفيذي للمستشفيات الجامعية عن سير العمل بها، ومركزها المالي.
ويجتمع مجلس إدارة المستشفيات الجامعية بدعوة من رئيسه مرة على الأقل كل ثلاثة أشهر، وتكون اجتماعاته صحيحة بحضور الأغلبية المطلقة لعدد أعضائه، وتصدر القرارات بأغلبية الأعضاء الحاضرين، فإذا تساوت الأصوات يرجح الجانب الذي منه الرئيس، وللمجلس أن يدعو إلى حضور جلساته من يرى الاستعانة به من ذي الخبرة دون أن يكون له صوت معدود.
وتبلغ قرارات المجلس إلى رئيس الجامعة خلال أسبوعين من تاريخ صدورها لاعتمادها.