ذكر قانون الاستثمار فى مادته رقم 77، أنه بتعيين الرئيس التنفيذى للهيئة ونوابه وتحديد معاملتهم المالية يكون من خلال قرار من رئيس الوزراء بناءً على عرض الوزير المختص، وذلك لمدة ثلاث سنوات قابلة للتجديد لمدة واحدة، ولا يجوز أن يزيد عدد من نواب رئيس الهيئة على خمسة نواب، وتٌحدد اختصاصات نواب الرئيس التنفيذى بقرار من الوزير المختص.
ويتولى الرئيس التنفيذى للهيئة تمثيلها أمام القضاء والغير، كما يتولى شئونها وتنفيذ قرارات مجلس إدارتها، وله فى سبيل ذلك اتخاذ ما يلزم لتيسير إجراءات الخدمات التى تقدمها الهيئة للمستثمرين، وكذا اتخاذ ما يلزم لتفعيل نظام الرقابة والشفافية والحوكمة والإدارة الرشيدة.
ويجوز للرئيس التنفيذى تفويض أحد نوابه فى بعض اختصاصاته دون أن يتضمن التفويض تمثيل الهيئة أمام القضاء أو الغير ،وتبين اللائحة التنفيذية الاختصاصات والمهام الأخرى للرئيس التنفيذى.