ذكر قانون الجمارك، أن رسوم خدمات النافذة الواحدة ومقابل خدمات الاستعلام المسبق والأعمـال التي تقوم بها المصلحة في غير أوقات العمل الرسمية أو خارج الدائرة الجمركية تقدر بما لا يجاوز عشرة آلاف جنيه لكل منها، وتحدد اللائحة التنفيذية للقانون شروط وإجراءات الاستعلام المسبق وفئات الرسوم والمقابل المقررة عن جميع الخدمات التي تقدمها المصلحـة، وحالات خفض المقابل وأثمان المطبوعات والنماذج والأقفال الجمركية، ولا يدخـــل المقــابل المشــار إليه في نطاق الإعفاءات الجمركية أو رد الضرائب أو الضمانات .
وتودع المبالغ المحصلة تحت حساب مقابل الخدمات الفعلية التي تقــدمها المصلحة للغير في حساب خاص باسم المصلحة لدي البنــك المركزي بحساب الخـــزانة الموحد، ويصرف من هذا الحساب في تطوير وتحديث البنية التحتية والخدمية وتطوير الموارد البشرية بالمصلحة، وذلك بموجب قرار يصدر من الوزير، على أن يرحل الفائض من هذا الحساب مـن عـام لآخـر .
ووفقا للقانون تتولى مصلحة الجمارك أعمال الرقابة الجمركية ، وإتمام الإجراءات الجمركية اللازمة للتخليص والإفراج عن البضائع الواردة والصادرة والعابرة، وتحصيل الضريبة الجمركية وجميع الضرائب والرسوم الأخرى المستحقة عليها، وإدارة نظامي السماح المؤقت ورد الضريبة، وتطبيق القوانين واللوائح والقرارات المتعلقة بعمليات دخول وخروج وعبور البضائع .
كما تتولي المصلحة أعمال الرقابة الجمركية فيما يتصل بحماية حقوق الملكية الفكرية الخاصة بالبضائع علي امتداد الإقليم والخط الجمركيين، كما لها أن تتخذ جميع الإجراءات التي تراها كفيلة لتأمين وتيسير حركة التجارة الدولية، وذلك بالتنسيق والتعاون مع غيرها من الجهات المختصة .
وللمصلحة أن تتخذ أو تطلب من الجهات المختصة اتخاذ جميع التدابير التي تراها كفيلة بمنع التهريب، ولها أن تتبع البضائع المستوردة التي يتم عرضها للبيع عن طريق المواقع الإلكترونية، وكذا البضائع المنقولة داخل البلاد بنظام الترانزيت غير المباشر وذلك بجميع الوسائل المتاحة بما فيها التتبع الإلكتروني، ويجوز بقرار من الوزير أو من يفوضه اتخاذ تدابير خاصة داخل نطاق الرقابة الجمركية لمراقبة بعض البضائع.