حدد القانون رقم 12 لسنة 2022 الخاص بإنشاء وتنظيم المجلس الصحي المصري في مادته الـ13 موارد المجلس والتي شملت ما تخصصه الدولة من الموازنة العامة، وعائد استثمار أموال المجلس، بجانب التبرعات، والهبات، والمنح، والإعانات في الأغراض التي تدخل في اختصاص المجلس والتي يقبلها مجلس الإدارة، بعد موافقة الجهات المختصة، بجانب القروض التي تعقد لصالح المجلس ، بما لا يتعارض مع أغراضه، وفقًا للقواعد والإجراءات المنظمة لذلك، وحصيلة الرسم المقرر في المـادة (12) من هذا القانون .
ونصت المادة 14 أن يكون للمجلس موازنة خـاصة تعد علي نمـط موازنات الهيئات العـامة الخـدمية، وتبدأ السنة المـالية له مع بداية السنة المـالية للدولة، وتنتهي بانتهائها، وتودع أموال المجلس في حساب خاص بالبنك المركزي ضمن حساب الخزانة الموحد، ويرحل الفائض من الموارد الذاتية من سنة مالية إلى أخرى .
وأكدت المادة 15 أن أموال المجلس أموال عامة، تخضع لرقابة الجهاز المركزي للمحاسبات ووزارة المـالية وجميع الجهات الرقابية الأخرى في الدولة، ويكون للمجلس في سبيل اقتضاء حقوقه اتخاذ إجراءات الحجز الإداري طبقًا لأحكام القانون رقم ٣٠٨ لسنة ١٩٥٥ في شأن الحجز الإداري.