حدد القانون 209 لسنة 2020 الخاص بإعادة تنظيم هيئة الأوقاف المصرية، اختصاصات الهيئة، حيث نصت المادة 4 من القانون، بأن يكون للهيئة في سبيل تحقيق أغراضها مباشرة الاختصاصات الآتية:
أولاً: إدارة الأوقاف الخيرية واستثمارها والتصرف فيها على أسس اقتصادية بقصد تنمية أموال الأوقاف باعتبارها أموالاً خاصة نيابة عن وزير الأوقاف بصفته ناظرًا على الأوقاف الخيرية، على أن تتولى وزارة الأوقاف تنفيذ شروط الواقفين والأحكام والقرارات النهائية الصادرة من المحاكم واللجان في شأن القسمة أو الاستحقاق أو غيرها وكذلك محاسبة مستحقي الأوقاف الأهلية وفقًا لأحكام القانون رقم 44 لسنة 1962 المشار إليه وذلك من حصيلة ما تؤديه الهيئة إلى الوزارة
ثانيًا: حصر وتقييم أعيان وأموال الأوقاف التي تختص الهيئة بإدارتها واستثمارها ، واستلام هذه الأموال عن طريق اللجنة النوعية المختصة ، على أن تمثل فيها وزارة المالية والمجالس المحلية والهيئة العامة للإصلاح الزراعي وأي جهات أخرى بحسب الأحوال ،ويبين قرار إنشاء هذه اللجان كيفية أداء عملها ، على أن يكون التصرف في الأعيان والعقارات بطريق المزاد العلني.
ويجوز لها الاستبدال أو البيع بالممارسة في الأحوال الآتية:
أ) للملاك على الشيوع في العقارات التي بها حصص خيرية بشرط ألا تزيد الحصة الخيرية على نصف العقار.
ب) لمستأجري الأراضي الفضاء التي أقام عليها مستأجروها مباني لأكثر من خمس عشرة سنة.
ج) لمستأجري الوحدات السكنية بعمارات الأوقاف بالنسبة للوحدات المؤجرة لهم .
ويتضمن هذا الحصر كل ما يتعلق بهذه الأموال من بيانات وذلك لاتخاذ الإجراءات الكفيلة بالمحافظة على حقوق الهيئة في مواجهة المستأجرين أو المستبدلين أو واضعي اليد.
وإذا ما تبين للجنة وجود أي نقص في الأعيان والأموال المسلمة ، ألزمت جهة التسليم بالتعويض.
ويقصد بجهة التسليم في تطبيق أحكام هذا القانون كل جهة حكومية سبق استلامها أراضي أو عقارات أو أموالاً خاصة بالأوقاف بموجب أحكام قوانين أخرى.
ثالثا: شراء الأعيان التي تتولى لجان القسمة بيعها طبقًا لأحكام القانون رقم 55 لسنة 1960 بقسمة الأعيان التي انتهى فيها الوقف أو غيرها من الأعيان التي تحقق عائدًا.
رابعا: توكيل أشخاص اعتبارية عامة أو خاصة أو غيرها في تحصيل إيراداتها في نطاق إقليمي معين مقابل عمولة تحصيل وذلك طبقًا للشروط التي يحددها مجلس إدارة الهيئة، وذلك كله بالشروط والأوضاع التي تنظمها اللائحة التنفيذية لهذا القانون .