واصلت نيابة أمن الدولة العليا، برئاسة المحامى العام الأول المستشار خالد ضياء الدين، التحقيقات فى القضية المعروفة إعلاميا "بتفجير الكنائس"، والتى تضم عددا من وقائع التفجيرات الإرهابية، وآخرها تفجير كنيسة مارجرجس بطنطا ومار مرقس بالإسكندرية، والكنيسة البطرسية.
كشفت التحقيقات الأولية، أن المتهمين شاركوا فى عملية تفجير الكنيسة البطرسية إيمانًا منهم بمبدأ الولاء والبراء والذى يجيز من وجهة نظرهم عملية قتل كل شخص لا ينتمى للإسلام، وأن الإدارة المركزية لتنظيم ولاية سيناء قررت تنفيذ عدد من العمليات فى منطقة الوادى؛ من أجل تخفيف العبء عن أعضاء التنظيم فى شبه جزيرة سيناء ومدن القناة، ومن أجل ذلك رصد أعضاء التنظيم عددا من الرموز الدينية، ورموز الإعلام، والكنائس المصرية.
وأضافت التحقيقات، أن الخلية المركزية التى استهدفت الكنائس نجحت فى تكوين مجموعة من الخلايا الفرعية، كان من المفترض أن تقوم هى الأخرى بعدد من العمليات الإرهابية، وأن التنظيم أصدر أوامره بإعادة إحياء الخلية المركزية، على أن يتم اختيار عناصرها من بين غير المرصودين أمنيا فى المرحلة الحالية، وحدد أهدافها فى استهداف دور عبادة الأقباط، واستهداف السائحين ومراكز الخدمة الحكومية، وأفراد الجيش والشرطة والقضاء، كما أنه تم رصد عدد من دور الأقباط، من بينها كنيسة ماريوحنا بالزيتون، والكنيسة البطرسية، والكنيسة الإنجيلية.
وأكدت التحقيقات أنه تم رصد مجموعة من الشخصيات الإعلامية والقضائية والسياسية وعدد من سفراء الدول الأجنبية، بهدف اغتيالهم، وتم تقسيم عمل الخلية بحيث عهد التنظيم إلى المتهم "رامى عبد الحميد" مسئولية توفير أماكن للإيواء وشراء مستلزمات تصنيع المتفجرات والأسلحة، كما أوكل التنظيم إلى المتهمة "علا محمد" مسئولية رصد الأهداف التى يتم اختيارها، ويعاونها المتهم "محمد حمدى" والذى يقوم أيضا بتوفير أماكن لعقد الاجتماعات بشكل دائم بين عناصر الخلية.