جاء ذلك خلال مناقشة المادة الثالثة من قانون المجلس الأعلى للإرهاب، حيث تمت العودة لنص قانون الحكومة فى هذه المادة دون أى تعديلات عليها مثلما رأت اللجنة التشريعية، حيث أكد رئيس المجلس الدكتور على عبد العال، أن المجلس تنفيذيى ومن ثم يرأسه الشخصيات التنفيذية، أم دور البرلمان وفق الدستور وضع السياسة العامة للدولة والحكومة ومراقبتها، مشيرا إلى أن مطلب إضافة 3 شخصيات عامة فى تشكيل المجلس متوافق فى الفقرة الثانية فى أحقية المجلس فى دعوة من يراهم للاستفادة منهم.
وجاء نص المادة النهائى، بأن يشكل المجلس الأعلى لمواجهة الإرهاب والتطرف برئاسة رئيس الجمهورية وعضوية "رئيس مجلس الوزراء. ـ رئيس مجلس النواب ـ فضيلة الامام الاكبر شيخ الأزهر الشريف ـ بابا الاسكندرية بطريرك الكرازة المرقسية ـ القائد العام للقوات المسلحة وزير الدفاع والانتاج الحربي. ـ وزير الاوقاف. ـ الوزير المعنى بشئون الشباب والرياضةـ الوزير المعنى بشئون التضامن الاجتماعي.ـ وزير الخارجية. ـ وزير الداخلية. ـ الوزير المعنى بشئون الاتصالات وتكنولوجيا المعلومات. ـ وزير العدل. ـ الوزير المعنى بشئون الثقافة. ـ الوزير المعنى بشئون التربية والتعليم والتعليم الفني. ـ الوزير المعنى بشئون التعليم العالى والبحث العلمي. ـ رئيس جهاز المخابرات العامة. ـ رئيس هيئة الرقابة الادارية".. ولرئيس الجمهورية، وللمجلس أن يدعو إلى حضور اجتماعاته من يرى دعوته من السادة الوزراء والمحافظين ورؤساء الهيئات العامة والأجهزة الحكومية المختصة والشخصيات العامة وفقا للاعتبارات التى يقدرها رئيس الجمهورية، وكذلك من يرى الاستعانة بخبراته فى المسائل المعروضة ولا يكون لأى منهم حق التصويت، ويجوز أن تقتصر الدعوة فى بعض الموضوعات على من يرى رئيس الجمهورية دعوته وفى حال غياب رئيس المجلس يحل محله رئيس مجلس الوزراء.
وكانت اللجنة التشريعية خلال اجتماعها أقرت بأسبقية ترتيب رئيس مجلس النواب قبل رئيس الوزراء فى تشكيل المجلس الأعلى للإرهاب.