بعد عام من المقاطعة العربية لقطر، لم تعد العلاقة بين جماعة الإخوان وقطر كما كانت قبل هذا العام ، فلا الدوحة صارت هى الملاذ الآمن للهاربين من الإخوان فى مصر كما كان الحال عقب الإطاحة بمرسى من السلطة فى يونيو 2013 ، ولا الجماعة نفسها صارت تراهن على الدوحة لانتشالها من أزماتها ، بل وصل الأمر بين الطرفين إلى التبرؤ علانية من هذه العلاقة .
فى بداية الأزمة مرت جماعة الإخوان بحالة من الارتباك انعكست على البيانات الصادرة من كلا الطرفين المتنازعين على قيادة الجماعة فى الأيام الأولى للأزمة، حيث توقفت الجماعة لعدة أيام عن إصدارأى بيانات تعلق على الأزمة ولاحقا أصدرت بيانات غلبت عليها لغة هادئة تدعو الى الحوار لحل الازمة بين الدول العربية قبل ان تعود فيما بعد إلى الاصطفاف بشكل كامل خلف الموقف القطرى، وهو ماعتبره مراقبون وقتها أنه عكس تخوف الاخوان من سقوط النظام القطرى.
كان الموقف مختلفا على صعيد المنصات الاعلامية للجماعة ،حيث سخرت نفسها منذ اللحظة الاولى لخدمة قطر وترويج روايتها حول اختراق موقع وكالة الأنباء القطرية ، وهو مابثته فضائيات الجماعة فى تركيا، ومواقعها على الانترنت بالتزامن مع الجزيرة فضلا عن حرصها على استضافة الكتاب القطريين المدافعين عن قطر، وفسرت مصادر على صلة بالالة الاعلامية للاخوان هذا الموقف بأنه يرجع الى ان قطر هى المصدر الرئيسى لتمويل هذه القنوات .
تحت وطأة الأزمة وتصدير دول الرباعى العربى لمطلب إبعاد الاخوان من قطر وإدراجها كجماعة إرهابية ، اضطرت الدوحة إلى إعلان البراءة من الجماعة أكثر من مرة وعلى لسان مسئوليين بارزين ، فمثلا فى أغسطس 2017 نفى مدير مكتب الاتصال الحكومي في قطر، سيف بن أحمد بن سيف آل ثاني، ، وجود أي علاقة بين الدوحة وجماعة "الإخوان المسلمين" وزعم أن الاتهامات بوجود علاقة بين الدوحة والجماعة هى ادعاءات مصرية.
تصريح أخر كان أكثر إثارة للجدل من محمد بن عبد الرحمن وزير الخارجية القطرى جاء فى حوار أجراه مع شبكة فوكس نيوز الاخبارية فى سبتمبر من نفس العام حيث اعترف فى زلة لسان بأن الاخوان جماعة ارهابية وقال نصا دفاعا عن إمارته بأنها لا تدعم الإرهاب: "بخصوص القاعدة والإخوان المسلمين وغيرهم من الجماعات المتطرفة الإرهابية فإن الدوحة لا تدعمها" بحسب تعبيره.
وفى حوار أخر مع فوكس نيوز أيضا لكن فى إبريل من العام الجارى قال وزير خارجية قطر ردا على سؤال حول مطالب السعودية والإمارات ومصر والبحرين لقطر بحظر أنشطة جماعة "الإخوان المسلمون" في البلاد ووقف دعم "حماس": "قطر لم تدعم الإرهاب قط ولم تتسامح مع من يمولونه، تلك، الاتهامات باطلة من دول حصار قطر، إنهم يتهموننا بدعم الإخوان المسلمين، بينما الإخوان المسلمون جزء من الأنظمة السياسية في بلدانهم".
إلى ذلك كان واضحا خلال العام الماضى أن أعداد الاخوان فى قطر تقلصت إلى ادنى مستوياتها خلال العام الماضى ، وانتقل عدد كبير من قيادات الإخوان للإقامة فى دول أخرى بعيدا عن الدوحة وحتى من بقى منهم فانه اعتزل السياسة مثل محمد عبد المقصود ، ومحمد يسرى ابراهيم.