تضمن قانون الجمارك الجديد عددا من الاختصاصات التى تتولاها المصلحة فى سبيل الحفاظ على المنظومة وضبط آليات العمل، ولعل أبرز هذه المهام الحفاظ على حقوق الملكية الفكرية الخاصة بالبضائع، وفيما يلى نستعرض هذه المهام.
ووفقا للقانون تتولى المصلحة أعمال الرقابة الجمركية، وإتمام الإجراءات الجمركية اللازمة للتخليص والإفراج عن البضائع الواردة والصادرة والعابرة، وتحصيل الضريبة الجمركية وجميع الضرائب والرسوم الأخرى المستحقة عليها، وإدارة نظامى السماح المؤقت ورد الضريبة، وتطبيق القوانين واللوائح والقرارات المتعلقة بعمليات دخول وخروج وعبور البضائع.
كما تتولى المصلحة أعمال الرقابة الجمركية فيما يتصل بحماية حقوق الملكية الفكرية الخاصة بالبضائع على امتداد الإقليم والخط الجمركيين، كما لها أن تتخذ جميع الإجراءات التى تراها كفيلة لتأمين وتيسير حركة التجارة الدولية وذلك بالتنسيق والتعاون مع غيرها من الجهات المختصة.
وللمصلحة أن تتخذ أو تطلب من الجهات المختصة اتخاذ جميع التدابير التى تراها كفيلة بمنع التهريب، ولها أن تتبع البضائع المستوردة التى يتم عرضها للبيع عن طريق المواقع الإلكترونية، وكذا البضائع المنقولة داخل البلاد بنظام الترانزيت غير المباشر وذلك بجميع الوسائل المتاحة بما فيها التتبع الإلكترونى، ويجوز بقرار من الوزير أو من يفوضه اتخاذ تدابير خاصة داخل نطاق الرقابة الجمركية لمراقبة بعض البضائع.
وتحدد اللائحة التنفيذية لهذا القانون إجراءات وضوابط تطبيق هذه المادة.