حدد قانون رقم ٢٥ لسنة ٢٠٢٢بإنشاء المركز القومي لإدارة المجال الجوي، النظام المالي للمركز، حيث تتكون موارد المركز مما يأتي :
١ - التبرعات والهبات والمنح النقدية أو العينية التي يتلقاها من الأشخاص الطبيعية أو الاعتبارية والتي يقبلها مجلس إدارة المركز بما لا يتعارض مع أغراضه .
٢ - القروض التي تعقد لصالح المركز من خلال الأجهزة المعنية بالدولة .
٣ - مقابل الخدمات التي يؤديها المركز للغير .
٤ - مقابل الخدمات المـلاحية الجوية التي يؤديها المركز لـوزارة الطـيران المدني ، والذي يصدر بتحديده قرار من رئيس مجلس الوزراء بناء علي عرض مجلس إدارة المركز .
٥ - عائد استثمار فائض أموال المركز في المجالات اللازمة لتحقيق أهدافه .
٦ - ما قد تخصصه الدولة للمركز من مساهمات في موازنتها العامة .
وتكون للمركز موازنة مالية مستقلة تعد علي نمط موازنات الهيئات العامة الاقتصادية ، وتبدأ السنة المـالية للمركز مع السنة المـالية للدولة وتنتهي بانتهائها ، كما يكون للمركز حساب خاص يفتح ضمن حساب الخزانة الموحد بالبنك المركزي المصري ، وله أن يفتح حسابًا بأحد البنوك التجارية بعد موافقة وزير المـالية ، تودع فيه جميع موارده ، ويجوز لوزير المـالية بالاتفـاق مع وزير الطـيران المـدني منح أموال المركـز المودعة بحساب الخـزانة الموحـد عـائدًا لا يزيد علي العائد الممنوح من البنوك التجارية ، ويرحل فائض أموال المركز من موارده الذاتية من سنة مالية إلي أخري .
ولمجلس الوزراء بنـاءً علي اقتراح رئيس مجلس إدارة المركز وعرض وزير المـالية، إعفاء المركز كليا أو جزئيا من أية ضرائب أو رسوم أو ضريبة الدمغة أو رسم تنمية موارد الدولة أو الضريبة علي القيمة المضافة، أو تكليف الخزانة العامة للدولة بسدادها .
وأموال المركز أموال عامة، ويكون للمركز في سبيل اقتضاء حقوقه اتخاذ إجراءات الحجز الإداري طبقًا لأحكام القانون رقم ٣٠٨ لسنة ١٩٥٥ بشأن الحجز الإداري .