حدد قانون حماية وتنمية البحيرات والثروة السمكية مجموعة من المهام ينفذها مجلس إدارة الجهاز، حيث نص القانون على أن:مجلس إدارة جهاز حماية الثروة السمكية هو السلطة العليا المهيمنة على شئون الجهاز وتصريف أموره، ووضع السياسة العامة التى يسير عليها، وله أن يتخذ من القرارات ما يراه لازمًا لتحقيق الأهداف التى أنشئ من أجلها، وفي إطار الخطة القومية للدولة، وللمجلس على الأخص ما يلى :
١ - إعداد خطط وبرامج أنشطة الجهاز وإجراءات تنفيذها واعتمادها .
٢ - دراسة التشريعات والاتفاقيات المتعلقة بحماية وتنمية البحيرات والثروة السمكية واقتراح ما يراه فى شأنها .
٣ - الموافقة على إنشاء فروع الجهاز .
٤ - اعتماد الهيكل التنظيمى للجهاز بعد أخذ رأى الجهاز المركزى للتنظيم والإدارة.
٥ - إصدار اللوائح المالية والإدارية والفنية ولوائح شئون العاملين والتعاقدات والمشتريات وغيرها من النظم الداخلية المتعلقة بالجهاز، وذلك دون التقيد بالقوانين أو اللوائح أو القرارات المعمول بها فى الجهاز الإدارى للدولة أو أى جهة أخرى .
٦ - الموافقة على مشروع الموازنة السنوية للجهاز والحسابات الختامية والقوائم المالية .
٧ - قبول المنح والتبرعات والهبات فى مجال أنشطة الجهاز.
٨ - الموافقة على عقد اتفاقيات القروض فى مجال تحقيق أغراض الجهاز .
٩ - إقرار قواعد الاستعانة ببيوت الخبرة الفنية المحلية والأجنبية وتحديد المقابل أو المكافآت التى تمنح لها .
١٠ - إقرار التعاقدات والتصرفات والأعمال التى تمكن الجهاز من مزاولة نشاطه .
١١ - النظر فيما يرى رئيس مجلس الإدارة أو المدير التنفيذى للجهاز عرضه على المجلس .
١٢ - أية موضوعات أخرى تدخل فى نطاق اختصاص الجهاز .
١٣ - إعداد تقرير سنوى يرفع إلى رئيس الجمهورية يتضمن على الأخص ما حققه الجهاز من نتائج تتعلق بأهداف هذا القانون .
