واللافت أن المادة (4) من مشروع القانون تنص علي أنه "يفرض لصالح الصندوق رسم ترخيص يحصل لمرة واحدة عند إصدار قرار تشغيل الجامعات الخاصة والأهلية مقداره 5% من الميزانية المقدرة للجامعة، كما يفرض رسم إضافى مقداره 5% من الميزانية السنوية للجامعة الخاصة والأهلية عند إصدار قرار الموافقة على تعديل البيانات الخاصة بملاك الجامعة، وما تُخصصه الدولة من أموال للصندوق.
كما يفرض رسم سنوى مقداره 2% من المصروفات الدراسية لطلاب الجامعات الخاصة والأهلية، مقابل الخدمات التى يقدمها الصندوق للنوابغ والمبتكرين من طلاب تلك الجامعات، يسدد نقداً أو بإحدى طرق الدفع المقبولة الأخرى".