حدد قانون رقم 9 لسنة 2020 بإعادة تنظيم هيئة المتحف المصري الكبير، أن يكون لهيئة المتحف مجلس إدارة برئاسة الوزير المختص بشئون الآثار، وعدد من الأعضاء لا يقل عن عشرة ولا يزيد على عشرين عضوًا من ذوي المكانة العلمية والخبرة الدولية، ويكون الرئيس التنفيذي من بينهم، على أن يكون نصفهم على الأقل من خارج هيئة المتحف.
ويصدر بتشكيل مجلس الإدارة، وتحديد مدة عضويته، وتنظيم عمله، وتحديد المعاملة المالية لرئيسه وأعضائه قرار من رئيس مجلس الوزراء.
وحدد اختصاصات مجلس الإدارة هو السلطة العليا المهيمنة على شئون هيئة المتحف، وله أن يصدر القرارات اللازمة لتحقيق أهدافه، وله على الأخص ما يلي:
1 - الإشراف على تنفيذ السياسات العامة، والخطط الاستراتيجية لهيئة المتحف التي يقرها مجلس الأمناء.
2 – اعتماد الهيكل التنظيمي لهيئة المتحف.
3 – الموافقة على مشروع الموازنة السنوية لهيئة المتحف، واعتماد مشروع الحسب الختامي.
4 – قبول المنح والتبرعات والوصايا والهبات والهدايا التي تحقق أغراض هيئة المتحف من داخل البلاد وخارجها، طبقًا للقرارات والقواعد المنظمة لذلك، وبالتنسيق مع الجهات المختصة.
5 - إدارة موارد هيئة المتحف المالية ووضع القواعد الخاصة لاستخدام صافي الفائض الناتج عن نشاط هيئة المتحف بعد عرض الرئيس التنفيذي.
6 – وضع أسس التعاون بين هيئة المتحف والمتاحف والمؤسسات والشركات المصرية والإقليمية والعالمية.
7 – الموافقة على مشروعات اللوائح الداخلية المتعلقة بالشئون الإدارية والفنية والمالية، ومشروعات اللوائح المتعلقة بنظام العاملين بهيئة المتحف وتنظيم جميع شئونهم الوظيفية، وغير ذلك من مشروعات اللوائح التنظيمية.
8 – الموافقة على القروض التي تعقد لصالح هيئة المتحف وفقًا للقوانين المنظمة لذلك.
9 – النظر في كل ما يرى رئيس مجلس الإدارة عرضه من مسائل تدخل فى اختصاص هيئة المتحف.