اختصمت القناة فى دعواها التى حملت رقم 33539 لسنة 68 قضائية، الهيئة العامة للاستثمار، ورئيس المنطقة الحرة، ومدير مكتب السجل التجارى بالقاهرة، وقالت إن رئيس المنطقة الحرة للاستثمار قام بإيقاف وإلغاء الترخيص الصادر لبث قناة الجزيرة مباشر مصر من داخل جمهورية مصر العربية بالمخالفة للقانون، وأن رئيس الهيئة أخطر القناة بتقنين أوضاعها مع الاشتراطات المطلوبة لعمليات البث، وهو ما نفذته إدارة القناة، إلا أن جهة الإدارة تعسفت وقررت إلغاء الترخيص، على حد زعم القناة.